أُنشِئَتْ وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي بمرسوم ملكي في 30 ربيع الآخر من عام 1426هـ، الموافق 7 يونيو 2005م، وتتولى مسؤولية تطوير الدراسات العليا والبحث العلمي في الجامعة، بوصفها جزءًا لا يتجزأ من منظومة الجامعة والمجتمع، وتؤدي دوراً رئيسًا في تحقيق رسالة الجامعة، وتحقيق الإتقان المهني والتميز في المهارات البحثية لدى منسوبي الجامعة، من خلال تطوير البحث العلمي، وتهيئة البيئة المحفزة له، وتفعيل برامج الدراسات العليا، والإشراف على إقامة المؤتمرات العلمية المتخصصة لإثراء البحث العلمي، والتواصل مع الخبراء في المجالات العلمية المختلفة، وعقد العديد من الاتفاقيات العلمية مع المؤسسات العلمية المتميزة في الداخل والخارج، ما يسهم بفاعلية في بناء مجتمع المعرفة، ومن أجل تحقيق أهدافها ورسالتها تشرف الوكالة على عمادة البحث العلمي، ومعهد البحوث والدراسات الاستشارية، وإدارة شؤون المكتبات.
وتسعى وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي إلى توفير بيئة محفزة للابتكار والتميز في مخرجاتها التعليمية والبحثية، حيث تحرص الوكالة في مجال الدراسات العليا على تخريج أجيال ريادية متميزة، واستحداث برامج دراسات عليا تحقق أهداف رؤية السعودية 2030، وتوفر الاحتياجات المستقبلية للمملكة. كما تهتم الوكالة بتطوير مجال البحث العلمي، الذي يُعدُّ من أهم الأدوات لتنفيذ رؤية 2030 الطموحة، ومشاركة الجامعة في التنمية الاقتصادية والاجتماعية والتحول إلى الاقتصاد المعرفي.
وتحرص الوكالة على التميز الأكاديمي والبحثي من خلال توفير البنية التحتية المتجددة (مكتبات، ومصادر معلومات، وخدمات إلكترونية متنوعة، ومعاهد، ومراكز متخصصة، وتجهيزات معمليّة)، وتوفير التمويل المستمر من خلال بيوت الخبرة والكراسي البحثية وغيرها، كما تختار الوكالة الجامعات الدولية المرموقة لابتعاث المعيدين والمحاضرين، وتوفر الخدمات الإلكترونية التي تساعد على اتخاذ القرارات المناسبة. وقد وضعت وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي اللوائح والإجراءات للقيام بالمراجعة الدورية لبرامج الدراسات العليا، والمعاهد البحثية، وكراسي الأبحاث ومراكزها.

وتقدم الوكالة الكثير من المشاريع البحثية الداخلية التنافسية، واعتمدت الوكالة أيضًا إدخال مؤشر الدعم والتمويل القائم على الأداء، عن طريق نشر الأوراق العلمية والأبحاث الناتجة عن مشاريع تم تمويلها ونشرها في مجلات علمية ذات تصنيف عالٍ في قاعدة البيانات Clarivate، كما تضطلع الوكالة بالإشراف على إقامة المؤتمرات المحلية والدولية العلمية المتخصصة؛ لإثراء البحث العلمي والتواصل مع الخبراء في المجالات العلمية المختلفة، وعقد العديد من الاتفاقيات العلمية مع المؤسسات المتميزة في الداخل والخارج للارتقاء بمستوى الجامعة العلمي والبحثي وخدمة المجتمع؛ لتصبح في مصاف الجامعات العالمية الرائدة.